19 juny

La presentació de GoodGut té una gran cobertura de mitjans

Aquest matí hem presentat oficialment GoodGut SL. i el seu nou sistema de detectar el càncer de còlon i recte pioner a l’Estat espanyol. La presentació, que ha tingut lloc al Parc Científic i Tecnològic de la Universitat de la Girona, ha tingut una gran cobertura de mitjans.

 

GoodGut SL., capdavantera a nivell estatal en el disseny de sistemes de suport al diagnòstic i al tractament en base a la microbiota intestinal, és la tercera empresa spin-off biotecnològica de la Universitat de Girona i la primera de l’Institut d’Investigació Biomèdica de Girona


Qui és GoodGut SL.

L’empresa biotecnològica GoodGut SL. neix com a empresa pionera i de referent a l’Estat espanyol. Actualment és la única empresa d’arreu de l’Estat que dissenya tant sistemes de suport al diagnòstic de malalties digestives, com de suport al tractament en base a la microbiota intestinal (flora intestinal). Tot i la recent constitució de l’empresa, dos dels socis fundadors de GoodGut SL., Xavier Aldeguer, cap del servei de Digestiologia de l’Hospital Universitari de Girona Dr. Josep Trueta, i Jesús Garcia-Gil, catedràtic de microbiologia de la Universitat de Girona, fa 12 anys que segueixen una línia d’investigació consolidada en la microbiologia clínica des de l‘Institut d’Investigació Biomèdica de Girona Dr. Josep Trueta (IDIBGI) i la Universitat de Girona (UdG).

La línia de recerca de GoodGut és l’estudi de la microbiota intestinal dels individus i en aquest sentit, els investigadors conceben la microbiota intestinal com a factor determinant en el sistema immunitari de l’intestí i del desenvolupament de les malalties digestives.

L’equip, amb una destacada trajectòria investigadora i emprenedora, està format per Xavier Aldeguer com a Medical Advisor, Jesús García-Gil com a Chief Research Officer, Mariona Serra com a directora general i Jaume Amat de Bioemprèn com a Strategic Advisor.

Innovació en la detecció del càncer de colon

GoodGut està desenvolupant un nou sistema de detecció del càncer de còlon que funciona com a biomarcador per detectar aquesta patologia de manera precoç i eficaç: el RAID-CRC. 

El càncer de còlon i recte (CCR) és la segona causa de mort per càncer a nivell estatal i també mundial i és el que afecta a més població espanyola. Segons dades de l’OMS del 2008, cada setmana es detecten 500 nous casos de càncer de còlon a Europa.

Actualment, la tècnica més utilitzada per detectar càncer de còlon i recte és un test de sang oculta en femta, que, en el cas que aquesta prova surti positiva, cal realitzar una colonoscòpia al pacient per confirmar el diagnòstic. El producte que està desenvolupant GoodGut, és més fiable que el test actual, minimitza els errors, de manera que caldrà realitzar menys colonoscòpies que actualment.

RAID-CRC

El producte que s’està desenvolupant des de GoodGut SL és el Risk Assessment for Intestinal Disease-Colorectal Cancer (RAID-CRC), un sistema innovador per detectar el càncer de còlon de forma precoç. Es tracta d’un biomarcador en femta, basat amb una tècnica no invasiva que és altament específica i sensible. A més, té capacitat prediagnòstica, fet que permet detectar el càncer en un estadi molt inicial. El RAID-CRC permet identificar la població que està desenvolupant càncer de còlon que encara no té manifestacions clíniques a partir d’uns bacteris determinats. El RAID-CRC també permet confirmar els casos diagnosticats de càncer de còlon, de manera que també permet descartar la població sana.

L’objectiu és introduir-lo al sistema com a cribratge del càncer colorectal, substituint el test de sang oculta en femta que s’utilitza actualment. Llavors només caldrà fer-se una colonoscòpia la població que doni positiu a la prova amb el RAID-CRC.

Estalvi de 30M d’€ anuals i menys llistes d’esperes

L’ús del RAID-CRC podria arribar a permetre un estalvi anual de 30 milions d’euros a nivell estatal, segons dades de la companyia, només tenint en compte les colonoscòpies que es podrien deixar de fer. Això sense tenir en compte l’estalvi en tractaments i en hospitalització. A més a més, permetria esponjar les llistes d’espera per realitzar colonoscòpies.

Visió de futur

GoodGut també treballa en un segon i nou producte, el PREVIPECT. Es tracta d’un prebiòtic capaç d’equilibrar descompensacions bacterianes que afecten a malalts de Crohn, de còlon irritable i altres persones afectades per malalties intestinals.

A diferència dels probiòtics, que són productes que aporten bacteris, els prebiòtics aporten factors nutricionals que fan créixer selectivament els bacteris propis de la microbiota intestinal de cadascú. A banda que s’ha demostrat que el prebiòtic és més efectiu compensant la microbiota intestinal, presenta avantatges de comercialització pels requisits d’emmagatzematge i laboratori.

Tercera empresa spin-off biotecnològica de la Universitat de Girona

GoodGut SL. és la tercera empresa spin-off biotecnològica de la Universitat de Girona després que al 2006 es crees Microbial i al 2009 AMP Biotech. L’Institut d’Investigació Biomèdica de Girona Dr. Josep Trueta (IDIBGI) i la Universitat de Girona són dues de les institucions que han fet possible i han promogut la recerca de qualitat de GoodGut SL. Recentment s’ha incorporat també a l’empresa la plataforma amb vocació clara d’impulsar projectes i iniciatives empresarials en el camp de la biotecnologia, Bioemprèn.

IMG_2755 IMG_2762 IMG_2768 IMG_2770

18 juny

Recull de premsa: Presentació de GoodGut amb èxit

Recull de premsa: Presentació de GoodGut amb èxit

Recull de premsa presentació 18 juny

ACN:

Una empresa gironina crea un nou sistema de detecció de càncer de còlon que reduiria un 30% les colonoscòpies

http://acn.cat/acn/755139/General/text/Empresa-GoodGut-prova-deteccio-cancer-de-colon-colonoscopies-bacteris-flora-intestinal.html

 

LA VANGUARDIA

Una empresa de Girona desarrolla un sistema de detección del cáncer de colon

http://www.lavanguardia.com/vida/20140618/54409148706/una-empresa-de-girona-desarrolla-un-sistema-de-deteccion-del-cancer-de-colon.html

 

EFE    Vist al Twitter

EFEGirona @EFEGirona ·  15 h

La empresa gerundense@Good_Gut desarrolla un sistema de detección del cáncer de colon#EFEGirona@univgirona@ParcUdG

 

ARA GIRONA

Investigadors gironins creen un nou sistema per a detectar el càncer de còlon

http://www.aragirona.cat/noticia/2014/06/18/investigadors-gironins-crea-un-nou-sistema-per-detectar-cancer-de-colon

EL PUNT AVUI

Sistema innovador per a la detecció del càncer de còlon

http://www.elpuntavui.cat/noticia/article/2-societat/14-salut/753235-sistema-innovador-per-a-la-deteccio-del-cancer-de-colon.html?cca=1

DIARI ARA

Un nou test permet la detecció precoç del càncer de còlon

http://www.ara.cat/premium/societat/permet-deteccio-precoc-cancer-colon_0_1159684046.html

 

Secció ARA SI:

http://www.ara.cat/premium/Xavier-Aldeguer-No-Ana-Pastor_0_1159684125.html

EUROPAPRESS

La empresa GoodGut desarrolla un sistema pionero en España de detección de cáncer de colon

http://www.europapress.es/catalunya/noticia-empresa-goodgut-desarrolla-sistema-pionero-espana-deteccion-cancer-colon-20140618164132.html

 

TV3 Comarques Girona (A portada i primer tema)

http://www.tv3.cat/3alacarta/#/videos/5138471

 

TV Girona (A portada i primer tema)

http://tvgirona.xiptv.cat/noticies/capitol/noticies-migdia-del-18-06-2014

 

TV3 Els Matins

(Encara no hi ha el vídeo)

 

CATALUNYA RÀDIO (Tema amb el que han obert l’informatiu del migdia)

http://www.catradio.cat/audio/823087/Catalunya-Radio-Girona-1425-h

 

RAC1

(pendents de l’àudio al podcast)

 

Cadena SER

http://www.cadenaser.com/catalunya/articulo/nou-test-per-detectar-cancer-colon/csrcsrpor/20140619csrcsrcat_2/Tes

 

VILAWEB

http://www.vilaweb.cat/acn/ultima-hora/4198567/20140618/empresa-gironina-crea-sistema-deteccio-cancer-colon-reduiria-30-colonoscopies.pdf

 

EMPORDÀ.INFO

Una empresa gironina crea un nou sistema de detecció de càncer de còlon

http://www.emporda.info/salut/2014/06/18/empresa-gironina-crea-nou-sistema/238995.html?utm_source=rss

 

EXPANSIÓN Catalunya

Crean GoodGut para el diagnóstico precoz del cáncer de colon

http://vlc05d.auditmedia.es/webalmacen/ObtenerRecorteEnPDFVec2.aspx?guid=1edd32a3-c72a-4fe4-9d26-6958a87af066&guidTransferencia=0393d760-8274-4118-a3d2-d0d07bfc4bdb&guardar=0&cultura=es-ES&protar=no&qimg=-1&paintWords=0&tpDate=dateup&clid=96ec9971-e3eb-4e0c-b1c2-4df3d7346634&remarcar=no

 

LA RAZÓN

Creado un sistema que detecta el cancer de colon en estados iniciales

http://vlc10d.auditmedia.es/webalmacen/ObtenerRecorteEnPDFVec2.aspx?guid=b2a73865-feed-481c-88b4-faef9efe2e93&guidTransferencia=932f4b40-161f-49d7-a6da-206caa41529b&guardar=0&cultura=es-ES&protar=no&qimg=-1&paintWords=0&tpDate=dateup&clid=96ec9971-e3eb-4e0c-b1c2-4df3d7346634&remarcar=no

NOTICIAS3

http://noticias3.es/noticias/la-empresa-goodgut-desarrolla-un-sistema-pionero-en-espana-de-deteccion-de-cancer-de-colon

11 juny

Consells senzills per tenir cura de la salut digestiva

Mantenir una bona salut digestiva té molt a veure amb els nostres hàbits. La vida sedentària, l’estrès i els mals hàbits alimentaris afecten negativament al nostre benestar.

Us deixem quatre consells senzills per millorar el benestar digestiu:

Seguir una dieta variada i equilibrada. Els aliments rics en fibra (fruites i verdures fresques, cereals integrals i llegums) ajuden la digestió. I també ho fa evitar els fregits. Cuineu els aliments al vapor, estofats, en papillota, a la planxa, a la graella o bullits.

És important menjar a poc a poc i seguint uns horaris regulars. Menjar menys i més sovint (5 àpats al dia).
Cal evitar àpats copiosos després d’un llarg període de dejuni. Mengeu amb tranquil·litat i sense interferències (telèfon, ordinador…), mastegant bé els aliments.

Cal beure prou aigua diàriament, o infusions, brous suaus o sucs sense sucre. Es recomana entre 1 i 2 litres d’aigua al dia i evitar l’excés de cafeïna, de begudes gasoses i d’alcohol.

Fer activitat física amb freqüència. Ens ajudarà també a alliberar l’estrès

07 juny

Estructura i funció de l’ecosistema microbià al tracte digestiu: microbiota intestinal o microbiota fecal?

De Jesús Garcia-Gil

Departament de Biologia. Universitat de Girona, Campus de Montilivi, 17071 Girona

Introducció

En la darrera dècada s’ha produït una veritable revolució en el coneixement de la microbiota intestinal1–4. L’aplicació de tècniques de seqüenciació massiva al coneixement dels ecosistemes microbians, especialment la seva composició i diversitat, han canviat per sempre la nostra percepció dels bacteris presents al nostre organisme com a companys de viatge.

Aquesta aportació és encara parcial, en tant que la diversitat i la composició especifica d’una comunitat és només una part incompleta de la fotografia. Està clar que quan parlem de bacteris, particularment en hàbitats com l’intestí, ho fem amb el convenciment que els ecosistemes microbians són eminentment funcionals i que la seva importància rau en la capacitat d’incidir en la fisiologia de l’organisme hoste.

Una de les particularitats dels ambients microscòpics és l’explotació, per part dels microorganismes dels microgradients físico-químics. Aquests resulten de la confluència de dos compartiments (matèria orgànica i oxigen, llum i nutrients, aigua i sediment o mucosa i contingut fecal) que suplementen per separat els requisits nutricional de la majoria de bacteris. Per això és en les interfases on hi trobem una major diversitat metabòlica i fisiològica i on probablement s’estableixen les relacions beneficioses o perjudicials entre la microbiota i l’organisme hoste.

A l’intestí, la interfase entre l’hoste i l’ambient es troba a la mucosa. En aquest punt hi conflueixen d’una banda tot allò que ingerim (matèria orgànica, sals minerals i aigua) i d’altra el nostre organisme representat per l’epiteli, la làmina pròpria les glàndules, la submucosa, vasos sanguinis i limfàtics, etc… Les microvellositats augmenten la superfície de contacte amb el compartiment luminal la qual cosa indica que l’existència d’aquesta interfase és important des d’un punt de vista funcional.

En aquest article es donen les bases conceptuals en Ecologia Microbiana per comprendre millor les diferents microbiotes «humanes», la seva significació, diversitat, evolució i per interpretar millor els canvis observats tant en pacients de malalties intestinals com en persones sanes.

Importància de l’estructura de l’ecosistema

En general, cal entendre els ecosistemes microbians com a elements funcionals subjectes a equilibris dinàmics o «steady state», els quals es caracteritzen per ser la resultant dels processos d’aportació i dels processos de consum. Els elements necessaris per a la vida es troben sovint en compartiments separats i, per tant, només en les zones on aquests contenidors es posen en contacte (interfases) on apareixen els ecosistemes més actius i productius.

Exemples d’això els tenim a totes les escales. La biosfera manté el substrat sòlid separat de l’aquós i el gasós, i només en la confluència d’aquests tres compartiments és possible la vida. A escala més petita, la interfase entre els sediment i l’aigua d’un llac posa en contacte la matèria orgànica amb l’oxigen per a benefici dels bacteris descomponedors. Aquests gradients, que poden ser d’escala microscòpica, són els que marquen l’activitat d’un ecosistema i aquesta serà diferent en funció dels components que entren en contacte.

L’existència de gradients determina un arranjament en continu de diferents jocs de condicions o «nínxols ecològics» cada un d’ells ocupat per una espècie bacteriana o filogrup bacterià determinat. Així, la diversitat bacteriana en les femtes no és altra cosa que un registre dels diferents ambients i condicions fisicoquímiques per les que travessa el material fecal durant al llarg de l’espai-temps. També ens parla del tipus de successió ecològica que hi té lloc. Els bacteris són molt actius i amb aquesta activitat provoquen canvis ràpids en l’ambient que generen nous nínxols que a la vegada són ocupats per nous bacteris, segons el següent esquema:

 

bacteris1 activitat1 ambient2 bacteris2 activitat2 ambient3 ….

 

Aquesta successió té lloc al llarg d’un eix longitudinal que va canviant gradualment les condicions ambientals5. Un seguit de mecanismes de l’hoste participen en la modulació de la microbiota intestinal, incloent la secreció d’àcid gàstric, el flux, la producció de pèptids antimicrobians, i la motilitat gastrointestinal. Els fàrmacs que bloquegen la secreció d’àcid i els que afecten la motilitat poden alterar indirectament la microbiota. Els antibiòtics, depenent d’espectre i la dosi, afectaran directament a la composició de la microbiota. En aquest cas, s’ha vist que l’administració d’agents antimicrobians causen profunds canvis en la composició de la matèria orgànica fecal, els quals es veuen reflectits en la composició bacteriana6

Modificacions en la dieta, incloent suplements probiòtics i fibra, també afectaran la composició de la microbiota.

Què sabem de l’activitat?

Fins fa poc, tota la informació disponible en relació a la activitat de la microbiota intestinal s’havia obtingut a partir de l’anàlisi directe de substàncies, metabòlits intermediaris i productes fruit de la conversió bacteriana de hidrats de carboni, proteïnes i compostos no nutritius7.

El tipus de metabolisme prevalent en un ambient ve determinat per la disponibilitat de matèria oxidable (electrons) i de substàncies oxidants (acceptors d’electrons). Aquesta relació és fàcilment mesurable en ambients naturals gràcies a elèctrodes que mesuren la «quantitat d’electrons» d’un ambient. Inversament, si coneixem el potencial redox, podem inferir el tipus de metabolisme prevalent i deduir quins grups bacterians hi són més abundants. Cada potencial d’oxido-reducció comporta un metabolisme diferent, i per això la mesura aquest paràmetre  integrador és tan útil en Ecologia Microbiana . Per la seva part, l’O2 és consumit ràpidament en qualsevol ecosistema amb excés de matèria orgànica, tot formant forts gradients entre el compartiment on es consumeix i aquell on n’hi ha. Aquests gradients generen condicions canviants en pocs mil·límetres o micròmetres.

L’ús de mètodes indirectes basats en l’anàlisi dels àcids nucleics (metabolòmica i transcriptòmica) ha aportat llum al coneixement funcional de la microbiota intestinal. Estudis metagenòmics recents han aportat valuosa informació sobre la capacitat funcional potencial de la microbiota intestinal a través del descobriment i caracterització de nous gens8,9 4 Tot i que les dades de metagenòmica proporcionen àmplia informació sobre la diversitat de la microbiota, el contingut de gens i les seves funcions potencials, no hi ha cap indicació de si l’ADN prové de cèl·lules viables o si els gens predits s’expressen o no i, en cas afirmatiu, en quines condicions i en quina intensitat.

La transcriptòmica ambiental recupera i seqüencia els mRNA, els quals indiquen inequívocament que el gen d’on provenen s’està expressant i que per tant la proteïna a la que donen lloc està activa i present en el medi. En un estudi recent sobre 10 individus sans s’ha pogut concloure que els principals rols funcionals de la microbiota intestinal corresponen al metabolisme dels carbohidrats, la producció d’energia i la síntesi dels components cel·lulars. Per contra, les activitats de manteniment o «housekeeping», com ara aminoàcids i el metabolisme lipídic estan insuficientment representades10 .

L’activitat i la composició de bacteris fecals sembla relacionada amb el tipus de dieta. És possible que alguns metabòlits influeixin en la salut humana, però de moment no hi ha estudis concloents al respecte. No obstant, quan l’organisme es veu privat de la seva microbiota normal (antibiòtics o disbiosi derivada de malaltia intestinal) alguns metabolismes es veuen alterats6.

Les microbiotes intestinals

La transformació final i anaeròbica de la matèria orgànica que arriba al còlon és la pròpia d’un gran fermentador i tant la naturalesa d’aquesta matèria com les condicions físico-químiques determinaran en gran mesura la composició de la microbiota. Recentment s’ha vist que en fermentadors alimentats amb fibra i substàncies ja pre-digerides i riques en fibra la proporció entre Firmicutes Bacteroidetes (F/B) pot arribar a ser fins a 10 vegades més elevades que aquells alimentats amb material cru i ric en àcids grassos volàtils11. Per tant, recíprocament, la composició de la microbiota, bàsicament expressada en la proporció F/B, ens informa del tipus de metabolisme prevalent a la fase final del procés digestiu i depèn en gran mesura de la dieta. Aquesta reciprocitat fa que una gran part de les substàncies i metabòlits que es troben a l’intestí depenguin directament de la naturalesa del material fecal i per tant, una part substancial del què es coneix com a «core Microbiome» intestinal sigui en realitat fruit de la dieta. La comparació de les microbiotes d’un nen urbà italià i un africà de Burkina Faso, amb dietes totalment diferents, mostrava composicions bacterianes molt divergents amb una proporció F/B considerablement més alta12. Tanmateix, les probabilitats que el nen italià desenvolupi algun problema intestinal és molt més elevada.

Fent servir mètodes de PCR i clonatge per comparar la microbiota fecal amb la de la mucosa en individus sans, s’obtenen resultats que indiquen que es tracta de dues microbiotes ben diferents13. D’elles, la que estaria més lligada a l’organisme humà i amb el que tindria més probabilitats d’interactuar segueix essent aquella que es troba a l’intestí quan no hi ha matèria fecal. És per aquest motiu que els estudis a partir de mostres directes de la mucosa, sense el soroll o variabilitat que pot introduir la microbiota fecal, són preferibles per conèixer la microbiota més directament implicada en un intestí sa o malalt.

Recentment, comença a parlar-se de biogeografia per referir-se a l’enorme heterogeneïtat espacial existent al tracte intestinal, fruit de la multiplicitat de microambients o microhàbitats que es troben al tracte intestinal (lumen, mucosa colònica o criptes colòniques) cada un dels quals alberga una microbiota ben diferent14.

L’ecologia de Faecalibacterium prausnitzii com a exemple

Faecalibacterium prausnitzii, és un bacteri intestinal consumidor d’acetat i productor de butirat considerat un promotor de la salut intestinal15. Aquest bacteri es troba en menor abundància en pacients amb malaltia inflamatòria intestinal16,17 mentre que altres grups apareixen en major abundància, en particular els gamma-proteobacteris18,19. Aquests canvis, formen part del què es coneix com a disbiosi bacteriana i poden explicar-se a partir de les bases teòriques de l’Ecologia Microbiana.

  1. prausnitzii ocupa un nínxol metabòlic que requereix un gradient d’O2 ben estructurat. Estudis sobre la fisiologia d’aquest bacteris han mostrat la seva preferència per ambients microaerofíl.lics malgrat ser un anaeròbic estricte. Aquestes condicions es donen en una fina capa o gradient en la confluència de dos compartiments que aporten per separat els recursos necessaris per al seu creixement20,21 Aquesta propietat només es coneix en Faecalibacterium prausnitzii i pot il·lustrar el grau d’integració d’aquesta espècie en la mucosa intestinal (Figura 2)

La inflamació de la mucosa intestinal porta implícita una disrupció d’aquesta estructura. Els compartiments es mesclen, creant unes noves condicions on oxigen i matèria orgànica coexisteixen. Això fa que el potencial redox sigui menor (més electropositiu) i s’afavoreixin aquells metabolismes més rendibles, propis dels bacteris amb estratègia basada en colonització d’ambients rics en nutrients. El trencament de l’estructura en gradient de l’ecosistema mucós explicaria la disminució dràstica de Faecalibacterium prausnitzii mentre que l’accés de l’oxigen a la matèria orgànica i la recolonització del nou nínxol per part dels oportunistes explicaria l’increment de les enterobacteriàcies (Escherichia coli).

Els estudis sobre l’ecologia de microorganismes realitzats a partir de biòpsies han permès conèixer millor el seu comportament davant les diferents patologies intestinals15,22,23  i permeten fins i tot assignar subpoblacions a entitats patològiques diferents d’una mateixa malaltia24. La consistència d’aquests resultats ha permès d’acceptar dues espècies com a indicadors no només de disbiosi bacteriana, sinó també de l’estat de la mucosa colònica i del grau de recuperació de la mateixa 16 17,25.

 

Consideracions finals

L’aplicació de les bases teòriques de l’Ecologia Microbiana a la interpretació de la ingent quantitat d’informació disponible a l’actualitat sobre la microbiota del tracte digestiu permet una millor selecció d’aquelles dades que poden o no ser rellevants des d’un punt de vista mèdic. Les femtes humanes, com les de qualsevol mamífers, presenten una elevadíssima càrrega bacteriana (>10¹⁰ cèl·lules/gram; pes sec)26 i una diversitat també notable. No obstant, si analitzem els filogrups que en formen part, ens adonem que entre els Firmicutes i els Bacteroidetes sumen més del 90% en la majoria de casos en persones sanes. La relació entre aquests dos grans grups d’organismes fermentadors obligats ens parla del tipus de matèria orgànica amb la què estan en contacte, amb les fibres i el material pre-digerit afavorint el primer grup. Les possibles relacions entre la gran majoria d’aquests bacteris i l’hoste encara és desconeguda. No obstant, els escassos estudis sobre l’activitat bacteriana a l’ecosistema intestinal indiquen que la majoria de funcions, rutes metabòliques i productes són els propis de la transformació del material fecal.

Al marge de la microbiota fecal, es troba la microbiota de la mucosa. S’ha demostrat que tenen composicions diferents derivat probablement de les diferents estructures que tenen els respectius ecosistemes. L’ecosistema de la mucosa està finament estratificat i allí organismes com Faecalibacterium prausnitzii poden exercir efectes beneficiosos per a l’hoste com a conseqüència del seu metabolisme i la seva proximitat a l’epiteli. Aquesta estructura en interfase o gradient es troba en un equilibri dinàmic i qualsevol factor extern o intern pot trencar-lo. Quan això passa, l’ecosistema experimenta una pertorbació que és aprofitada pels oportunistes (Proteobacteris) els quals poden causar una resposta inflamatòria.

Finalment,  cal conèixer millor quin és el nivell de soroll introduït pel material fecal en el coneixement de la microbiota intestinal per poder establir relacions més precises entre els diferents grups bacterians presents i una possible implicació en les malalties intestinals.

 

REFERÈNCIES BIBLIOGRÀFIQUES

  1. Eckburg PB, Bik EM, Bernstein CN, et al. Diversity of the Human Intestinal Microbial Flora. Science (80- ). 2005.
    2. Lozupone CA, Stombaugh JI, Gordon JI, Jansson JK, Knight R. Diversity, stability and resilience of the human gut microbiota. Nature. 2012;489(7415):220-230
    3. Manichanh C, Borruel N, Casellas F, Guarner F. The gut microbiota in IBD. Nat Rev Hepatol. 2012;9(10):599-608
    4. Qin J, Li R, Raes J, et al. A human gut microbial gene catalogue established by metagenomic sequencing : Article : Nature. Nature. 2010;464(7285):59-65
    5. Simrén M, Barbara G, Flint HJ, et al. Intestinal microbiota in functional bowel disorders: a Rome foundation report. Gut. 2013;62(1):159-176
    6. Antunes LCM, Han J, Ferreira RBR, Lolić P, Borchers CH, Finlay BB. Effect of antibiotic treatment on the intestinal metabolome. Antimicrob Agents Chemother. 2011;55(4):1494-1503
    7. Blaut M, Clavel T. Metabolic Diversity of the Intestinal Microbiota: Implications for Health and Disease. J Nutr. 2007;137(3):751S – 755
    8. Zoetendal EG, Von Wright A, Vilpponen-Salmela T, Ben-Amor K, Akkermans ADL, De Vos WM. Mucosa-associated bacteria in the human gastrointestinal tract are uniformly distributed along the colon and differ from the community recovered from feces. Appl Environ Microbiol. 2002;68(7):3401-3407.
    9. Gill S, Pop M, DeBoy R, et al. Metagenomic analysis of the human distal gut microbiome. Science (80- ). 2006;312(5778):1355-1359
    10. Gosalbes MJ, Durbán A, Pignatelli M, et al. Metatranscriptomic approach to analyze the functional human gut microbiota. PLoS One. 2011;6(3):e17447
    11. Briones A, Coats E, Brinkman C. Should we build “obese” or “lean” anaerobic digesters? PLoS One. 2014;9(5):e97252.
    12. De Filippo C, Cavalieri D, Di Paola M, et al. Impact of diet in shaping gut microbiota revealed by a comparative study in children from Europe and rural Africa. Proc Natl Acad Sci U S A. 2010;107(33):14691-14696
    13. Durbán A, Abellán JJ, Jiménez-Hernández N, et al. Assessing Gut Microbial Diversity from Feces and Rectal Mucosa. Microb Ecol. 2011;61(1):123-133
    14. Donaldson GP, Lee SM, Mazmanian SK. Gut biogeography of the bacterial microbiota. Nat Rev Microbiol. 2015;14(1):20-32
    15. Sokol H, Pigneur B, Watterlot L, et al. Faecalibacterium prausnitzii is an anti-inflammatory commensal bacterium identified by gut microbiota analysis of Crohn disease patients. Proc Natl Acad Sci U S A. 2008;105(43):16731-16736
    16. Lopez-Siles M, Khan TM, Duncan SH, et al. Gut Environmental Factors May Shape the Persistence of Faecalibacterium Prausnitzii in the Healthy and Diseased Large Intestine. Gastroenterology. 2011;140(5):S – 665
    17. Lopez-Siles M, Martinez-Medina M, Busquets D, et al. Mucosa-associated Faecalibacterium prausnitzii and Escherichia coli co-abundance can distinguish Irritable Bowel Syndrome and Inflammatory Bowel Disease phenotypes. Int J Med Microbiol. February 2014:1-12
    18. Swidsinski A, Loening-Baucke V, Verstraelen H, Osowska S, Doerffel Y. Biostructure of fecal microbiota in healthy subjects and patients with chronic idiopathic diarrhea. Gastroenterology. 2008;135(2):568-579
    19. Swidsinski A, Loening-Baucke V, Vaneechoutte M, Doerffel Y. Active Crohn’s disease and ulcerative colitis can be specifically diagnosed and monitored based on the biostructure of the fecal flora. Inflamm Bowel Dis. 2008;14(2):147-161
    20. Kahn MT, Duncan SH, Stams AJM, van Dijl JM, Flint HJ, Harmsen HJM. The gut anaerobe Faecalibacterium prausnitzii uses an extracellular electron shuttle to grow at oxic-anoxic interphases. ISME J. 2012;6(8):1578-1585
    21. Kahn TM, Duncan SH, Van Dil JM, Russell W, Flint HJ, Harmsen HJM. Is  /Faecalibacterium prausnitzii/ a conventional anaerobe? New insights into  oxygen sensitivity. Gut Microbiol. 2010;Abstract B:98.
    22. Sokol H, Seksik P, Furet JP, et al. Low counts of Faecalibacterium prausnitzii in colitis microbiota. Inflamm Bowel Dis. 2009;15(8):1183-1189
    23. Martinez-Medina M, Aldeguer X, Gonzalez-Huix F, Acero D, Garcia-Gil LJ. Abnormal microbiota composition in the ileocolonic mucosa of Crohn’s disease patients as revealed by polymerase chain reaction-denaturing gradient gel electrophoresis. Inflamm Bowel Dis. 2006;12(12):1136-1145
    24. Lopez-Siles M, Martinez-Medina M, Surís-Valls R, et al. Changes in the Abundance of Faecalibacterium prausnitzii Phylogroups I and II in the Intestinal Mucosa of Inflammatory Bowel Disease and Patients with Colorectal Cancer. Inflamm Bowel Dis. 2016;22(1):28-41.
    25. Lopez-Siles M. Ecophysiology and phylogeny of Faecalibacterium prausnitzii in healthy and diseased gut. Application in Inflammatory Bowel Disease diagnostics. Tesis Doctoral, 2016.
    26. Franks AH, Harmsen HJ, Raangs GC, Jansen GJ, Schut F, Welling GW. Variations of bacterial populations in human feces measured by fluorescent in situ hybridization with group-specific 16S rRNA-targeted oligonucleotide probes. Appl Environ Microbiol. 1998;64(9):3336-3345

 

FIGURA 1. El tracte intestinal també és un gradient «horitzontal» o «longitudinal» al llarg del qual les condicions canviants (factors intrínsecs i extrínsecs) van generant diferents comunitats microbianes (de Simrén et al 2013)

 

figura 1 blog gg

FIGURA 2. Gradients «verticals» a la interfase aigua-sediment i a la mucosa intestinal. En ambdós casos en la zona de gradient es posen en contacte dos compartiments, afavorint el creixement bacterià. Faecalibacterium prausnitzii  aprofita aquest gradient per formar una barrera a la capa mucosa amb funcions protectores i nutricionals.

figura 2 blog gg

 

Article  de Jesús Garcia-Gil